Desa ini didirikan sekitar akhir abad ke-16 dan mulai memilih kepala desa pada awal abad ke-17, yaitu tahun 1604, pada masa kejayaan Kerajaan Cirebon. Desa Kubang Deleg didirikan oleh delapan orang, yaitu Buyut Nurjan dari Kubang Kelor (sekarang Karang Mekar), Ki Buyut Gareng (Desa Krapyak), Buyut Pego (dari Desa Erpah), Buyut Jabrig (Leuwi Lawang), Buyut Brewes (Cigabug – Wanasaraya), Buyut Dungkul (Karang Wareng), Buyut Katolik (Cibanban), dan Buyut Kulur (Martapada).
Kedelapan pendiri desa tersebut berkumpul di tanah Sungging Curug untuk membentuk wilayah pedukuhan yang luas. Batas wilayah ditentukan oleh Buyut Nurjan, dan pemukiman ini kemudian dinamakan Kubang Putat. Nama Kubang Deleg muncul setelah adanya sayembara untuk menikahi putri Buyut Karsilem, yang diselenggarakan di tengah kubangan yang berisi ikan gabus besar. Sayembara tersebut diperkirakan terjadi pada awal tahun 1604 dan dimenangkan oleh seorang jawara bernama Syamsuddin dari Tambelang.
Setelah Buyut Karsilem menikahkan pemenang sayembara dengan putrinya, warga desa berkumpul untuk memilih kepala pedukuhan. Secara aklamasi, Ki Syamsuddin terpilih dan nama kampung pun diubah menjadi Kubang Deleg. “Ki Syamsuddin kemudian menjadi kepala desa selama 15 tahun, pada masa pemerintahan Panembahan Ratu I,” kata dia.
